技能学习是培养强力队伍的核心机制。游戏主要通过四种方式让宝可梦掌握技能：自然升级、技能机器（TM/HM）、技能教学师和遗传。自然升级是最基础的方式，每只宝可梦在特定等级会自动习得技能，例如小火龙在16级学会龙息。技能机器分为一次性使用的TM和可重复使用的HM，如HM03冲浪可在狩猎公园通过完成捕捉比赛获得，而TM28挖洞需击败火箭队成员后取得。技能教学师则分布在特定地点，如浅红市PC中心右侧房屋内的钓鱼佬会教授火神蛾专属技能。遗传则需要通过繁殖系统，子代可能继承父代的特定技能，如皮丘通过携带电气球孵化可遗传伏特攻击。
技能替换遵循四技能位规则，学习新技能时必须选择遗忘旧技能。使用TM/HM时，系统会提示当前可学习的宝可梦及需替换的技能，例如让乘龙学习HM03冲浪会覆盖其原有技能栏位。部分技能兼具战斗与地图交互功能，如飞翔HM02不仅是对战招式，还能实现快速传送。这类技能通常需要宝可梦具备特定属性，仅有飞行属性或外观有翅膀的宝可梦才能学习，但存在例外情况，比如暴鲤龙虽无飞行属性却可掌握飞翔。
游戏调整了部分技能的威力值，如逆鳞威力提升至120，种子机关枪调整为单次25伤害。建议优先让宝可梦学习本系技能（属性一致加成）和覆盖面广的招式，例如水箭龟搭配水炮与冰冻光束可有效应对火、岩、地面系对手。对于传说宝可梦如闪电鸟，其技能十万伏特配合特性压力能形成强力压制。技能组合需考虑队伍整体平衡，避免属性重复或防御盲区。
后期可通过七岛剧情解锁特殊技能资源。完成主线剧情后，玩家可前往诞生岛等区域获取稀有技能机，如龙之波动教学点位于对战开拓区右侧老婆婆处。游戏隐藏要素如隐藏机器大师成就要求集齐全部HM技能，建议在通关后系统性地收集遗漏的技能机。定期检查宝可梦技能池并及时优化配置，是应对联盟冠军战和战斗工厂挑战的关键策略。
